Il primo insediamento in questa zona è di origine etrusco-romana , come attestato dal ritrovamento di un tempio del IV secolo a.C. Il nome del villaggio deriva probabilmente dal culto del dio Giano. Viene ricordato per la prima volta in un documento dei primi anni del X secolo, citato come villaggio appartenente al patrimonio abbaziale di San Salvatore del Monte Amiata. Durante il dominio senese, Seggiano e il suo territorio divennero zona di influenza di alcune grandi famiglie cittadine: i Salimbeni, tra Due e Trecento, gli Ugurgieri a partire dal Quattrocento. Durante la fine del XVIII secolo Seggiano fece parte della Podesteria di Arcidosso e Casteldelpiano. La risorsa economica a cui traeva la maggior parte dei guadagni fu l’agricoltura con particolar riguardo per l’olivicoltura, che tutt’oggi mantiene una certa importanza. Lo stemma del comune, è rappresentato da uno scudo detto “accartocciato”, a fondo rosso e al suo interno rappresenta un albero verde, situato in aperta campagna. Il significato simbolico dell’albero è la fertilità della terra.